کانال های پتاسیمی به جریان اجازه می دهد و برای تولید جریان الکتریکی در طول غشاهای تحریک پذیر ضروری می باشد. کانال های پتاسیمی مراکز فعال مکانیسم های درون سلولی مانند تنظیم بهینه عملکرد کانال وابسته به شرایط آسیب شناختی می باشند. مطالعات واقعی جریان یون در کانال های زیستی بوسیله شبیه سازی کامپیوتری یک بحث مهم است. شبیه سازی های دینامیک مولکولی ممکن است برای بررسی پروتئین های غشا با لیپیدها و پاک کننده ها در تحلیل اتمی بکار رود. مثال هایی در چنین شبیه سازی ها برای کانال های یونی و غشا خارجی میکروبی مطالعه شده است. در این کار، ما به منظور تعیین رفتار پروتئین، پارامترهای شعاع ژیراسیون و متوسط انرژی را مشاهده کردیم. تغییرات این فاکتورها برای پروتئین کانال پتاسیم در گاز، آب، متانل و اتانول با صورتبندی اصلی بوسیله شبیه سازی های دینامیک مولکولی، لانگوین و مونت کارلو مطالعه شده است. شبیه سازی مونت کارلو یک روش تصادفی است و بنابراین بهترین روش برای شعاع ژیراسیون در فاز گاز است. وقتی دما افزایش می یابد، انرژی جنبشی نیز افزایش می یابد و همبستگی خطی است. همه محاسبات با برنامهHyperchem 8.0  انجام شد. شعاع ژیراسین برای حلال های مختلف با برنامهVMD 1.8.7  اندازه گیری شد. تعیین آن مخصوص یک درشت مولکول است. همچنین شکل مولکول را نشان می دهد. شبیه سازی مونت کارلو بهترین روش برای ارزیابی شعاع ژیراسیون می باشد. اصل مقاله به صورت متن کامل انگلیسی، در بخش انگلیسی قابل رویت است.

در سال های اخیر،‏ بررسی کنترل پاسخ ساختمان ها در زلزله با استفاده از تجهیزات استهلاک انرژی نظیر میراگرها همواره از اهمیت ویژه ای برخوردار بوده است. توزیع مناسب این تجهیزات در بین المان های سازه ای امکان کنترل پیچش و در نتیجه بهره برداری مضاعف را از آنها فراهم می کند. در این مقاله اثر توزیع میراگرهای ویسکوز بر رفتار پیچشی سازه به صورت آزمایشگاهی مورد مطالعه قرار می گیرد. برای این منظور یک مدل نامتقارن یک طبقه فولادی با مقیاس 1 به 6 بر روی میز لرزان مورد آزمایش قرار گرفته است. دو میراگر از نوع ویسکوز با توزیع های مختلف،‏ دیافراگم سازه را به تکیه گاه متصل نموده و برای هر حالت توزیع میراگر تغییر مکان جانبی،‏ شتاب جانبی و چرخش دیافراگم سازه برای 6 شتابنگاشت ثبت شده است. همچنین آزمایش های بارگذاری چرخه ای به منظور تعیین مشخصات دینامیکی میراگرها انجام شده که وابستگی زیاد مشخصات آنها را به عواملی نظیر فرکانس و دامنه حرکت نشان می دهد. مقایسه نتایج حاصل از مدل آزمایشگاهی با مدل سازی عددی،‏ همسانی مناسبی را در روند پاسخ های تاریخچه زمانی در دو حالت نشان می دهد. بررسی ها بر روی نتایج نشان می دهد توزیع های مناسبی از میراگرها وجود دارند که می توان تغییر مکان جانبی و چرخش دیافراگم را تا حد امکان کنترل نمود به گونه ای که رفتار سازه به حالت متقارن نزدیک شود. در حالی که برای کنترل شتاب جانبی و برش پایه،‏ توزیع مناسبی حاصل نشده است.

لطفا برای مشاهده چکیده به متن کامل (PDF) مراجعه فرمایید.

مقدمه: P53 یک پروتیین سرکوبگر تومور است و جهش های missense زیادی در ژن این پروتیین شناسایی شده است. این جهش ها در تعداد زیادی از سرطان ها مشاهده می شوند. R213G یکی از این موارد است که در ایجاد سرطان های متاستاتیک ریوی نقش دارد. در این پژوهش R213G در مقایسه با گونه وحشی با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی مورد مطالعه قرار گرفت. روش: برای ساختار سه بعدی پروتیین P53 گونه وحشی، زنجیره A از ساختار کریستالوگرافی با pdb ایدی 1TSR استفاده شد. برای جهش R213G، باقیمانده 213 این ساختار به گلایسین تغییر داده شد. شبیه سازی دینامیک مولکولی با استفاده از بسته نرم افزاری گرومکس 5-1-2، میدان نیروی AMBER99SB و مدل آب TIP3P به مدت 15 نانوثانیه و به صورت دو بار تکرار انجام شد. آنالیزهای RMSD، RMSF، شعاع ژیراسیون و انرژی پتانسیل بر روی تراژکتوری های حاصل انجام شد. نتایج: آنالیز RMSF نشان داد جهش R213G باعث تغییر انعطاف پذیری در یازده باقیمانده از جمله R-248 می شود. جالب است که این باقیمانده ها نزدیک محل جهش نیستند؛ اما همه آن ها در قطعه 220-250 از این دومین واقع شده اند و یا باقیمانده های همسایه این قطعه هستند. نتایج شعاع ژیراسیون و انرژی پتانسیل کاهش پایداری پروتیین در اثر این جهش را تایید می کند. نتیجه گیری: آنالیز RMSF جهش R213G به همراه تغییرات پایداری و شعاع بیان می کند که این جهش می تواند بر روی برهمکنش P53 با دیگر درشت مولکول ها تاثیر گسترده ای بگذارد.

به کمک شبیه سازی دینامیک مولکولی به تحلیل خواص ساختاری و ارتعاشات نانولوله های کربنی تک و دوجداره تحت جذب فیزیکی (عامل دار کردن) مولکول زیستی فلاوین مونو نوکلئوتید (FMN) پرداخته میشود و اثرات شرایط مرزی مختلف، درصد وزنی مولکول FMN، شعاع، تعداد جداره بر روی فرکانس طبیعی و تغییرات آن بررسی میگردد. با توجه به اینکه فرایند عامل دار سازی عموما در محیط های آبی صورت می پذیرد، دو محیط خلا و آبی برای شبیه سازی در نظر گرفته شده است. در مطالعه خواص ساختاری، با محاسبه شعاع ژیراسیون ملاحظه می گردد که با افزایش تعداد مولکول های FMN، شعاع ژیراسیون به صورتی خطی افزایش می یابد. همچنین، ملاحظه می گردد که وجود مولکول های آب در محیط شبیه سازی باعث توزیع گسترده تر مولکول ها در اطراف نانولوله می شود. عامل دارسازی نانولوله های کربنی فرکانس طبیعی نانولوله های کربنی را در محیط خلا، وابسته به شرایط مرزی، کاهش می دهد. این کاهش برای شرایط مرزی گیردار بسیار قابل توجهتر از نانولوله با شرط مرزی ساده و گیردار-آزاد می باشد در محیط آبی ملاحظه می گردد که برخلاف نانولوله ها با شرایط مرزی گیردار و ساده، فرکانس طبیعی نانولوله ها با شرایط گیردار-آزاد افزایش می یابد که مقدار تغییر فرکانس با افزایش تعداد مولکول های FMN افزایش می یابد. همچنین مشاهده میشود که فرکانس نانولوله تک جداره با شعاع بزرگتر کاهش قابل توجه تری دارد. همچنین، حساسیت تغییرات میزان تغییر فرکانس با افزایش تعداد مولکولهای FMN برای نانولوله دوجداره کمتر از تک جداره می باشد. همچنین ملاحظه گردید که میزان کاهش فرکانس با حضور مولکول های آب به میزان قابل توجهی افزایش می یابد در حالی که با افزایش تعداد مولکول ها، این تغییرات قابل توجه نمی باشد.

در این مقاله کران های بالا و پایینی برای بزرگترین مقدار ویژه ماتریس پادماکار- ایوان راسی و یالی گراف دلخواه G ارائه شده است، همچنین گراف هایی را که بهترین کران های ممکن برای آن ها رخ می دهد مشخص شده اند. اصل مقاله بصورت متن کامل انگلیسی، در بخش انگلیسی قابل رویت است.

انتخاب مقطعی مناسب برای تحمل بارهای فشاری از دیرباز مورد توجه بسیاری از محققین در مطالعه و بررسی ظرفیت باربری سازه ها بوده است. اما در این میان مهندسین و معماران در مطالعات خود اهداف مشترکی را جهت بکارگیری نیمرخ های مورد نظر و مطلوب دنبال می کنند که از جمله آن دستیابی به شعاع ژیراسیون بالا با مصرف مصالح کمتر و نسبت مقاومت به وزن بیشتر را می توان نام برد. ظرفیت کمانشی ستون ها تحت اثر بار محوری علاوه بر سطح مقطع ستون، وابسته به نسبت لاغری آن (طول موثر به شعاع ژیراسیون حداقل) می باشد. در این میان رفتار پس کمانشی عضو فشاری نقش بسزایی در ظرفیت باربری و رفتار کلی سازه ایفا می کند. بدین منظور لازم است علاوه بر تعیین رفتار عضو فشاری تا مرحله بحرانی، رفتار پس کمانشی عضو نیز با انجام تحلیلی غیرخطی مشخص گردد. در این مقاله به بررسی رفتار کمانشی و ظرفیت باربری ستون مرکب لانه زنبوری با استفاده از تحلیل اجزا محدود توسط نرم افزار ANSYS پرداخته شده و خلاصه ای از نتایج تحقیق صورت گرفته بر روی هفت شماره از نیمرخ های مرکب CPE گزارش شده است. هر یک از مقاطع مذکور در هشت طول مجزا و چهار حالت مختلف شرایط تکیه گاهی دو سرگیردار، گیردار- مفصلی، دو سر ساده وگیردار- آزاد با استفاده از آنالیز غیرخطی فیزیکی و هندسی تحلیل شده اند. نتایج بدست آمده در قالب نمودارهای بار- خیز جانبی، خیزمحوری- خیز جانبی- بار- تنش فون میزس و تنش برشی- لاغری ارایه شده و مورد ارزیابی قرار گرفته است. همچنین در این مقاله با استفاده از نرم افزار Jandel منحنی بارکمانشی- لاغری برای ستون مرکب لانه زنبوری حاصل گردیده که از جمله ابزار مناسب جهت بررسی ظرفیت در این ستون ها می باشد.